Hola, tenés varias formas, dependiendo de las herramientas de las que dispongas, por ej:
- Generar un backup completo descargable, todo desde el panel de control de tu hosting (si tu hosting te ofrece ese servicio)
- Generar un backup únicamente de la raíz de tu sitio (también desde tu hosting), por un lado (esos serían los archivos),
y por otro acceder a phpMyAdmin (o el manager de mysql que tengas en tu hosting) y acceder y exportar desde allí la base de datos.
- Si bien es totalmente viable, NO te recomiendo que descargues todo tu sitio por FTP. No al menos del modo tradicional, que sería bajar carpeta por carpeta, archivo por archivo, ya que son MILES de archivos y es MUY probable que en tantas transferencias, algún archivo se baje dañado, incompleto, etc...
- Desde el FTP no tenés acceso a las bases de datos. O las pedís al soporte de tu hosting, o accedés al panel de control de tu hosting (no hablo del panel de control de Joomla, claro).
Desde la administración de Joomla también existen herramientas para hacerlo, aunque me parece mucho más práctico desde el hosting (aunque para archivos -no bases de datos-, el componente eXtplorer para Joomla es simplemente GENIAL.
Espero te haya sido útil todo esto, saludos y contános cómo te fue !