En principio si lo que queres es que la parte del contenido varie segun menu lo podes hacer usando los sufijos que podes ingresar en los menus y definiendolos desde el template.csss de tu plantilla.
Si no, si lo que queres es que la totalidad o al menos tambien el menu/fondo/otros cambie de color, te recomiendo uses alguna plantilla con este funcionamiento y reemplaces los valores. Armarlo desde 0 no se si te sera muy facil siendo la primera vez que lo haces.
Se basa en que:
Uses templates.css para definir todo lo que no cambia. Si por ejemplo el DIV del header tiene que tener un tamaño de 600 px de ancho y cambar el color, entonces en templates .css pones:
(en referencia a <div class="header"></div>)
div.header {width: 600px;}
Luego en los CSS variables (los que cambian segun menu) pones:
negro.css
div.header {background: #00000;}
rojo.css
div.header {background: #cc0000;}
etc..
OSea, usas un CSS para todo lo general y los otros unicamente para lo que varia. De esta forma y si utiliza algun tipo de cache la plantilla no carga sucesivas veces el CSS que es general y solo carga las variantes... se reduce consumo seguro, mas o menos depende la plantilla y demas...
Saludos
PD: Tomare en cuenta esta consulta para crear un tuto en
www.tutorialesdejoomla.com/ 
